Страусоваая ферма, как и любая другая животноводческая или птицеферма, постоянно находится под угрозой проникновения и развития инфекции. Поэтому строгое и постоянное соблюдение правил гигиены является решающим фактором успешной работы предприятия. Основные санитарно-гигиенические правила и мероприятия, рекомендуемые для соблюдения и проведения на ферме, практически одинаковые для любой отрасли, но при разведении страусов в них вносятся некоторые поправки.
Неотъемлемой частью гигиены в помещениях для содержания страусов является регулярная уборка не только внутри самого строения, но и прилегающей к нему территории. Ведь при использовании даже самого сильного дезинфицирующего средства нельзя уничтожить бактерии, находящиеся под слоем грязи.
Следует полностью отгородить карантинные помещения и изоляторы от основного производства. Новых птиц необходимо держать на карантине не менее 6 недель. При помещении в изолятор слабых и больных страусов их не рекомендуется содержать в одиночестве.
У входа, как на саму ферму, так и в инкубационное, «детское», карантинное помещение и в изолятор необходимо оборудовать дезбарьеры. Помет из помещений нужно убирать ежедневно. Кроме того, его необходимо систематически исследовать на наличие возбудителей болезней. Наиболее тщательно следует соблюдать требования гигиены во время работы с яйцами страусов, а также в инкубаторном отделении. Постоянно нужно пользоваться дезинфицирующим раствором для мытья рук или надевать разовые пластиковые перчатки для предотвращения переноса микробов от яйца к яйцу.
Инкубаторная комната, сам инкубатор, выводной шкаф и комната для цыплят следует регулярно дезинфицировать специальным раствором или посредством фумигирования (например, формальдегидом).